Jeg skal fortelle dette med et sukk
Et sted aldre og aldre derav:
To veier divergerte i en skog, og jeg -
Jeg tok den mindre reiste av,
Og det har utgjort hele forskjellen.
Robert Frost
Jeg ble født som en ortodoks vitenskapsmann, dumpet ut på et samlebånd av konvensjonelle akademiske løfter. Moren min var en anerkjent molekylærbiolog og mentor som pleiet min vitenskapelige nysgjerrighet fra ung alder, som forklarte celler mens vi satt rundt middagsbordet, som fortalte meg historier om fotosyntese som katalyserer omdannelsen av karbondioksid til sukker og oksygen da jeg bare var 5 år gammel.
«Hva er karbondioksid?» ville jeg spørre.
«Flott spørsmål!» utbrøt mamma med smittende entusiasme. «Hele universet, alt du kan se, føle og ta på, er bygd opp av atomer ...» Hun grep tak i armen min og sa: «Hvis du zoomer inn på huden din, vil du oppdage at den er bygd opp av levende bobler som kalles celler. Hvis du zoomer inn i celler, vil du se at de er bygd opp av enda mindre ting som kalles molekyler – fett, proteiner, sukker, nukleinsyrer – og hvis du zoomer inn i molekyler, vil du se at de er bygd opp av byggeklosser som kalles atomer. Karbondioksid er et molekyl som er bygd opp av ett karbonatom og to oksygenatomer. Mesteparten av luften vi puster inn er bygd opp av karbondioksid ... når vi puster inn, puster vi inn oksygen, og når vi puster ut, puster vi ut karbondioksid ...» fortsatte hun, og koblet luften jeg puster ut til luften plantene puster inn til sukkeret jeg spiste i frokostblandingen min.
Det er nok å si at jeg, født med så rå vitenskapelige privilegier som en strålende mor, gjorde det bra på skolen. Jeg elsket alt jeg studerte, hadde hovedfag med to grader – biologi og anvendt matematikk – og hadde nesten bifag i kjemi og psykologi. Jeg forsket som bachelorstudent og ble tatt opp i et prestisjefylt National Science Foundation Graduate Research Fellowship Program. Jeg søkte på mange doktorgradsprogrammer og ble tatt opp ved Harvard, Stanford, Princeton og flere. Jeg tok en doktorgrad fra Princeton i løpet av korte 4.5 år med studier under en berømt veileder – Dr. Simon Levin – og jeg fortsatte til et postdoktorstipend ved Duke University.
Jeg fortsatte langs den akademiske ortodoksiens vei, og jobbet i et DARPA-finansiert team som studerte utslipp av flaggermusvirus fra 2017. Jeg hjalp teamet jeg jobbet med med å skrive et vellykket DARPA PREEMPT-stipend som hadde som mål å forutsi utslipp av flaggermus-henipavirus og forhindre fremveksten av disse farlige virusene. Jeg publiserte artikler, utviklet nye og innovative metoder i frontlinjen innen både matematikk og biologi. Jeg fulgte en primulavei som pekte rett inn i akademiets korridorer omkranset av portretter av tidligere akademikere, med store forhåpninger om mitt eget portrett i enden av korridoren.
Det var den gangen. Den ortodokse stien jeg kikket ned i 2019 er nå dekket av tåke, de kongelige salene og portrettene er oppslukt av flammer, den akademiske drømmen er død.
Hva skjedde? Hvor gikk det galt?
På hvilket tidspunkt tok jeg den mindre reiste veien?
Mine heterodokse synder
Som vitenskapsmann kan jeg ikke la være å dele opp det jeg har observert i en rekke konkrete enheter av tid og kausalitet, hendelser hvis mysterier og årsaker jeg kan håpe å forstå. Hvis jeg forstår hver hendelse individuelt, kan kanskje hele rotet av hendelser gi mer mening.
Covid-19-pandemien var begynnelsen på slutten for mitt ortodokse selvbilde. En rekke hendelser begynte å avsløre at jeg ikke er konvensjonell, og i disse hendelsene innså jeg ikke bare at jeg ikke er konvensjonell, men jeg innså også at akademiet er uvennlig mot de ukonvensjonelle. Nedenfor er hendelsene jeg var interessert i, de ukonvensjonelle standpunktene jeg tok, og behandlingen jeg fikk.
Å forutsi en pandemi
Fra slutten av januar til begynnelsen av februar 2020 hadde jeg analysert vekstrater for tilfeller i Wuhan, kasusrapporter som fant høye falskt negative rater av PCR-tester, den klassiske bayerske kasusstudien av overføring med uspesifikke symptomer og mer, og jeg kom til å tro at en pandemi var uunngåelig. Mine estimater av vekstrater for tilfeller var mye raskere, og metodene mine skilte seg fra konvensjonelle metoder fordi jeg hadde erfaring med å estimere vekstrater for bestander med metoder som ikke er vanlige i epidemiologi. Raskere vekstrater for tilfeller førte til estimater av høyere prevalens, økt tillit til et større subklinisk isfjell av tilfeller, tilbakeføring av estimert dato for utbruddsstart på steder tilknyttet Wuhan, redusert oddsen for at screening av reisende stoppet en pandemi og økt oddsen for en pandemi.
Jeg prøvde å dele funnene mine om doblingstider på 2–3 dager med akademikerne i DARPA PREEMPT-teamet mitt, men en professor fra Oxford sa minneverdig at han ikke har tid til meg, og at han, enkelt sagt, har mye mer tillit til team fra Harvard, Imperial College London og London School of Hygiene and Tropical Medicine enn «en postdoktor i Montana». De store institusjonene anslår alle doblingstider på 6.2 dager, lave subkliniske rater og høye odds for vellykket inneslutning, så bare basert på sine kvalifikasjoner hadde han – min egen lagkamerat – ikke tid til min heterodoksi. Andre i min krets var tilsvarende motvillige, og en professor hevdet at hvis jeg delte resultatene mine og tok feil, kunne det bli plukket opp av Fox News, utløse selvtilfredshet, og jeg kunne være direkte ansvarlig for millioner av dødsfall.
I dette ene tilfellet valgte jeg å holde funnene mine private. Dette er advarslene verden aldri hørte, den heterodokse Cassandra fortalte at hun ikke er epidemiolog og ble presset til å holde seg i sin egen bane. I stedet for at disse funnene informerte folk om en kommende pandemi, ble de brukt til å hjelpe et hedgefond med å shorte markedet.
Papiret om influensalignende sykdom (ILI)
Fordi jeg trodde det var en høyere prevalens og raskere vekstrate, antok jeg at det ville bli en økning i antall pasienter som søker behandling i store amerikanske storbyområder som New York innen mars–april 2020. Som en konsekvens av denne matematiske fremsynet holdt Justin Silverman, Nathaniel Hupert og jeg fingeren på pulsen og overvåket CDCs datasett for influensalignende sykdommer som rapporterte andelen pasienter som besøker primærhelsetjenesten med influensalignende sykdom.
Vi fant en massiv økning i antall pasienter i mars 2020. Vi konverterte denne økningen i andelen pasienter som opplevde ILI til et estimat av det rå tallet: 8 millioner ekstra pasienter, langt mer enn de <100,000 XNUMX tilfellene som ble dokumentert på den tiden. Artikkelen vår var plukket av Ocuco Economist, og umiddelbart ble vi angrepet av andre forskere (ikke tilfeldige troll) som anklaget oss for å forstyrre folkehelsebudskapet, minimere covid (for flere tilfeller betydde færre dødsfall per tilfelle), og utløse selvtilfredshet. Selv på min egen arbeidsplass gikk noen av forskerne som frarådet meg å dele funnene mine fra februar 2020 lenger og begynte å hope seg opp med Twitter-tirader eller til og med i Slack-kanalene våre, og fant mange muligheter til å kritisere meg eller frustrere mine forsøk på å tilhøre det vitenskapelige samfunnet.
Høstprognoser 2020
Under min teori, teorien som forutså en pandemi og økningen i mars 2020 med en dobling på to dager for intensivinnleggelser på tvers av helsepersonell i New York City, var det sannsynlig at økningen fra mars til april 2 i New York City tok slutt på grunn av en reduksjon i den mottakelige befolkningen, en befolkningstilstand som vi før covid-2020 refererte til som «flokkimmunitet».
Hvis dette var sant, ville vi kunne sammenligne fremtidige utbrudd med utbruddet i New York og finne ut at fremtidige utbrudd så tilfeller toppe seg med en dødelighet i befolkningen som ligner på den i New York. Jutsin Silverman og jeg utviklet et dashbord vi ville bruke til å overvåke utbrudd for sammenligning med New York-kurven, og sommeren 2020 så vi mange uforbedrede utbrudd som bekrefter «New York-linjen». Tallene nedenfor tar litt tid å forstå, men de er i hovedsak tidsserier basert på en tidsskala for byrden, slik at vi kan sammenligne vekstratene for utbrudd som finner sted på forskjellige datoer ved lignende byrder.
I august 2020 delte jeg disse funnene med CDCs prognoseteam, og ga kontekst for fremtidige utbrudd – dersom utbruddene i USA skulle føre til at tilfellene topper seg med 1 død per 1,000 innbygger, ville teorien min som er utviklet siden februar 2020, gi en forklaring på hvorfor: flokkimmunitet.
Utbruddene høsten 2020 over hele USA bekreftet universelt «The NYC Line» som en øvre grensekvantil for utbruddsintensitet (både hastighet og belastning), spesielt de utbruddene i stater eller fylker som gjorde lite for å dempe spredningen av covid-19.
Den forsinkede dødeligheten i befolkningen, D(t+11), ved topper i tilfeller på tvers av 3,000 amerikanske fylker, konvergerte alle mot NYC-linjen før vaksinene kom. Denne toppen er anomal under de 4 ganger mer alvorlige stiplede scenarioene i ortodokse modeller.
Jeg lagde pene figurer som belyste dette funnet på en vakker måte. Høsten 2020 Stor Barrington-erklæring (GBD) ble skrevet og påpekte at modellene våre kan overvurdere alvorlighetsgraden av pandemien (noe mine funn også tyder på) og at inneslutningspolitikk kan forårsake skade. Selv om GBD ble kalt «flokkimmunitet»-strategien, nevnte ikke forfatterne flokkimmunitet, selv om jeg personlig mener at utbruddene høsten 2020 nådde toppen på grunn av flokkimmunitet, noe som fremgår av deres konvergens med NYC-linjen. Nedenfor er det utledede fasediagrammet for alle >3,000 amerikanske fylkers utbrudd som kanaliserer seg mot toppene sine under NYC-linjen lenge før vaksinene kom, og med en langt lavere belastning enn konvensjonelle estimater indikert av den stiplede linjen.
I oktober 2020 krevde min postdoktorveileder at jeg ikke skulle dele funnene mine. Hun var bekymret for at påstandene mine om flokkimmunitet kunne forstyrre forholdet hennes til delstatsregjeringen, ettersom delstatsregjeringen ga henne 1 million dollar for å utføre test- og sporingseksperimenter på campusbefolkningen, eksperimenter som ikke var nødvendige under min teori. Under min teori burde delstatsregjeringen bevilge ressurser til stamme- og landlige samfunn som mangler ikke-kollektive boliger og tilgang til omsorg, ikke tulle med eksperimenter som setter studenter i karantene.
Jeg sluttet i stillingen min ved Montana State University på grunn av disse uenighetene, og trakk til slutt inspirasjon fra lærdommen jeg fikk fra Covid-historien: Hvis det å se noe og si noe innenfor min ekspertise strider mot konvensjonen, vil jeg heller dele funnene mine og bli kritisert enn å ikke dele funnene mine og se verden lide i uforberedt uvitenhet.
Forsvar av John Ioannidis
Dr. John Ioannidis er en anerkjent professor ved Stanford. Han skrev artikler tidlig under covid-19-pandemien der han argumenterte for at vi tok avgjørelser i møte med usikkerhet, at politikken vår kunne forårsake skade, og at pandemien kanskje ikke ble så ille som konvensjonelle team hadde forutsett.
Dr. Ioannidis ble utskjelt av høylytte akademikere på Twitter. Disse akademikerne mente at Ioannidis var en fornærmer, og de kritiserte ham ved enhver anledning.
På et tidspunkt publiserte Dr. Ioannidis en artikkel der han fant ut at akademikere med mange Twitter-følgere faktisk ikke hadde så mange artikler eller siteringer; med andre ord, de som omtaler seg selv som «ekspertene» på Twitter, er kanskje ikke de beste å konsultere for ekspertise. Dr. Ioannidis publiserte artikkelen med Twitter-navn, og mange akademikere startet et korstog som hevdet at det å publisere en artikkel med Twitter-navn er uetisk, et brudd på IRB-reglene og en form for trakassering som kan føre til at forskere blir målrettet.
Jeg var uenig. Jeg argumenterte for at denne regelen ble oppdiktet – Twitter-navn er offentlig tilgjengelige data, og det er ikke behov for en IRB for å analysere og publisere data offentlig. Dessuten hadde mange av de samme personene som kritiserte John Ioannidis for trakassering av forskere bredt delt og støttet en MIT-gruppe som publiserte navn de kalte «anti-maske». Jeg argumenterte for at hvis det var noen etikk på spill her, er det den selektive oppfinnelsen av forskningsetisk forargelse for å angripe Ioannidis, og den tvilsomme etikken til at forskere fester nedsettende merkelapper som «anti-maske» til grupper av mennesker de farger som anti-maske i diagrammene sine.
Avtagende immunitet
Under hypotesen om at utbruddene høsten 2020 nådde toppen ved terskler for flokkimmunitet, er den eneste måten vi kan forklare oppfølgingsutbrudd på med en blanding av avtagende immunitet og immunevasjon.
Jeg fikk kort berøring på den ortodokse veien ved å jobbe med et team ved London School of Hygiene and Tropical Medicine mens de forstod den første varianten av bekymring, Alpha. Jeg jobbet i hedgefond med å analysere SPAC-er (special purpose acquisition companies, i utgangspunktet private equity-selskaper for børsnoteringer) og ga en ordspillbasert «IPO»- eller «innledende fylogenetisk observasjons»-analyse av overførbarheten til B.1.1.7.
Under min teori ville vi imidlertid forvente å se Alpha forårsake større bølger på steder med tidligere utbrudd, antagelig steder som hadde lavere bølger høsten 2020. Det er akkurat det vi så, og dette ga bevis på avtagende immunitet.
Dessverre ble avtagende immunitet ansett som feilinformasjon på tidspunktet for denne oppdagelsen, ettersom avtagende immunitet antydet at vaksineindusert immunitet kunne avta. Hvis naturlig og vaksineindusert immunitet avtok, ville vi forvente å se en økning i USA kanskje 6 måneder etter utbruddet høsten 2020, og smitteraten i disse oppfølgingsutbruddene ville være mest negativt assosiert med den kumulative byrden i disse utbruddene og ikke ha noen negativ korrelasjon med vaksinasjonsrater. Faktisk var det det vi så innen juli 2021.
Hvis immuniteten avtar, endres kost-nytte-forholdet ved en politikk som påbyr vaksiner. Man kan rettferdiggjøre vaksinasjonspåbud dersom utbruddene høsten 2020 ikke var naturlige terskler for flokkimmunitet, og immuniteten ikke avtar. Dessverre, fra mitt teoretiske ståsted, var det sannsynlig at utbruddene høsten 2020 toppet seg ved naturlige terskler for flokkimmunitet, og immuniteten avtok, noe som setter spørsmålstegn ved visdommen i å påbyrde vaksiner som medfører en viss risiko og ikke ville forhindre fremtidige infeksjoner.
Til slutt, i august 2021, publiserte CDC funn av et utbrudd i Provincetown som viste udiskutable bevis på 100 % immununndragelse, der pasienter med vaksiner hadde samme forekomst som pasienter uten vaksiner.
Den samme teorien om naturlige flokkimmunitetsterskler høsten 2020 og immununndragelse i Delta førte til teorien om at fremtidige utbrudd ville ha karakteristiske tidsskalaer ettersom de utarmet de mottakelige populasjonene i relativt uforminskede utbrudd som brenner gjennom populasjoner med svekket immunitet. Ovenfor ser vi Omicron-utbruddene i sørafrikanske provinser som definerer de karakteristiske tidsskalaene for Omicron-utbrudd på tvers av amerikanske stater, noe som igjen bekrefter denne teoretiske veien jeg fulgte.
Covid-opprinnelse
Husk at før Covid studerte jeg patogensmitte fra flaggermus til mennesker, og statistiske metoder for å tilskrive patogener til verter eller kilder. Da jeg var ferdig med utbruddsprognoser, vendte jeg tilbake til spørsmålet om patogensmitte, om tilskrivning av dette biologiske agenset til kilden det kom fra.
Jeg leste litteraturen og fant den mangelfull, at den trakk ukarakteristisk sterke konklusjoner basert på feilaktige data, feilaktige analyser eller ubegrunnede antagelser. Jeg skrev en artikkel der jeg kritiserte en artikkel, Pekar et al., der de hevdet at de to store grenene ved foten av SARS-CoV-2-evolusjonstreet er bevis på to spillover-hendelser. Vi viste at forfatternes metoder ikke rettferdiggjorde konklusjonene deres, og i tillegg ekskluderte de sekvenser som ugyldiggjorde deres premiss om to store grener ved foten av SARS-CoV-2-evolusjonstreet. Dette gjorde forkjemperne for zoonotisk opprinnelse sinte og satte et mål på ryggen min – les kommentarene i fortrykket vårt for å få et glimt.
Langt mer heterodoks var den neste artikkelen jeg var med på å skrive sammen med Valentin Bruttel og Tony VanDongen. Opprinnelsesteorien i laboratoriet dreide seg om et furin-kløvingssted som man antok hadde blitt satt inn, men for å sette inn et furin-kløvingssted i et koronavirus måtte man lage en DNA-kopi av viruset. Vi fant bevis i SARS-CoV-2-genomet som stemmer overens med de dominerende metodene for å lage DNA-kopier av koronavirus.
Dette ble også plukket opp av The Economist i tillegg til Telegraf og mer. I hvert tilfelle forsterket imidlertid disse tidsskriftene kontroversen som ble produsert av vokterne av ortodoksien, som alle har nære bånd til enten Wuhan Institute of Virology som antas å ha utført dette arbeidet, eller NIAID, det USA-baserte finansieringsbyrået for helsevitenskap som i 2019 ble funnet å ha finansiert nøyaktig de forskerne som foreslo å sette inn et furin-kløvingssted i en DNA-kopi av et SARS-koronavirus i Wuhan i 2018.
Min straff
Samtidig som Nyere bevis har bekreftet teorien vårI likhet med bevis fra utvalget bekreftet min teori om covid-utbrudd og terskler for flokkimmunitet, ser ikke bekreftelse ut til å være tilstrekkelig for å tillate gjenopptakelse til akademiet. Den giftige tonen i uenighetene, de forslåtte egoene til store professorer som ble motbevist av selve dataene, har skapt et fellesskap av giftig, indignert ortodoksi. Det er ikke noe håp om gjenopptakelse for en synder som meg, for etter nok kamper og forslåtte egoer vil det i hver komité, hvert redaksjonsråd, hvert konferanseråd være noen jeg har fornærmet med min heterodoksi.
Nå, i møter med ortodokse akademikere som desperat ønsker å forsvare sin territorium mot de overveldende hordene av data og bevis, blir jeg stemplet med et skarlagenrødt alfabet av heterodoksi. Antivax, BRownstone Boy, Covid-minimerer, Denialist, og så videre. Jeg er i øynene til mange en paria fordi jeg hadde innsikten til å oppdage ting og motet til å stå ved oppdagelsene mine. Få ting forverrer en indignert seniors ego mer enn en juniors nektelse av å gi etter, det er som om jeg får skylden for bokserens brudd i nevene til de som slo ned på meg.
Jeg ville dele denne reisen med fremtidige forskere som ser fremover på karrieren sin, usikre på hvilken vei de skal ta. De skilleveggene jeg har møtt her, vil også andre møte. Du kan finne noe, noe som er unikt synlig for noen med din ekspertise, og du kan møte alt fra motløshet og anbefalinger til å ikke dele arbeidet ditt, til direkte fiendtlighet og, hvis du deler arbeidet ditt, fremmedgjøring fra folk du en gang trodde var dine kolleger eller venner.
Du vil se tegn som peker mot ortodoksi. Du vil se nedover det elendige, betente, tornete krattet av kontroverser nedover heterodoksitetens vei, og du kan forståelig nok bli fristet til ikke å tåle den skarlagenrøde H-en. Hvis du prøver å opprettholde karrieren din slik du alltid har sett den for deg, hvis du søker komfort og kollegialitet, så for all del, ikke stikk nakken ut, gjør ingenting kontroversielt, og kritiser aldri folk som innehar maktposisjoner. Du kan få portrettet ditt reist i gangene i en bygning, og du vil aldri kjenne noe annet enn kjærlighet til bygningen som har inkludert deg, eller i det minste den versjonen av deg som valgte å ikke gjøre noe kontroversielt.
Min avgang fra ortodoksiens nedoverbakke og min oppstigning opp de knallharde bakkene av heterodoksitet har virkelig gjort hele forskjellen. Innerst inne er jeg fortsatt mors barn, nysgjerrig på karbondioksid, fascinert av fotosyntese, i ærefrykt for atomer.
Ved å følge heterodoksens vei har jeg blitt skrapt og forslått, slått og sparket, slått og harangulert, lagt opp på en digital gapestokk og fått fornærmelser kastet i ansiktet. Jeg ville gjort alt igjen, for bare på denne veien oppdager du hvem du er. Med tiden vil du finne andre som også var modige nok til å stå ved sine prinsipper, og en enkelt heterodoks venn er en mektigere alliert enn 100 ortodokse kolleger. Her på den vindfulle, regnfulle åstoppen av heterodoksitet vil du finne et fellesskap av de mest geniale sinnene, sanne venner som prioriterer tilhørighet fremfor tro, og du vil lære å le mens du blir slått, å bli sterkere mens du blir angrepet, å elske mens du blir hatet.
Jeg ville ikke anbefale den knallharde oppstigningen til heterodoksi til en kollega, men bare til de sterkeste, mest geniale, mest autentiske og modige vennene. Hvis du kan overleve oppstigningen, vil du på den andre siden oppdage dine styrker og du vil blomstre.
Du kan bli foraktet av foraktelige mennesker som syntes du var nyttig da du formet sjelen din til å passe deres grep, men du vil også bli beundret av de beundringsverdige heterodokse forskerne som kom før deg. Du vil bli elsket og respektert blant et mangfoldig fellesskap av autentiske, uhindrede sjeler, og selv om vi er uenige, vil vi gjøre det høflig og på en måte som sikrer at du fortsatt hører hjemme i vårt fellesskap, for få forstår korrosjonen av intoleranse bedre enn de av oss som har blitt forvist til denne heterodokse byen på en høyde.
Gjengitt fra forfatterens Stabler
-
Alex Washburne er matematisk biolog og grunnlegger og sjefsforsker ved Selva Analytics. Han studerer konkurranse innen økologisk, epidemiologisk og økonomisk systemforskning, med forskning på covid-epidemiologi, de økonomiske konsekvensene av pandemipolitikk og aksjemarkedets respons på epidemiologiske nyheter.
Vis alle innlegg
